学院现有食品科学与工程一级学科博士（硕士）学位授权点1个，是自治区重点建设学科。下设乳品工程、肉品科学与技术、乳酸菌资源开发与利用 、特色植物资源开发与利用和营养与食品安全五个研究方向和食品加工与安全专业硕士学位点1个。2016年食品科学与工程学科入选自治区首批“一流学科”建设序列，在2017年全国第四轮学科评估中获得“B”档。2019年获得博士后流动站资格。

设有食品科学与工程、食品质量与安全、包装工程、乳品工程等4个教研室、1个教育部重点实验室和1个实验管理中心。共有省部级科研平台18个，省部级科研团队9个。食品科学与工程专业是自治区品牌专业，是首批国家卓越农林人才教育培养计划试点项目，2019年获批国家级一流本科专业建设点；包装工程专业获得自治区级一流本科专业建设点。食品科学与工程和乳品工程专业入选内蒙古农业大学民族教育重点建设专业计划，并从2018年开始承担蒙古国国际班的教学任务。