科技创新团队建设是我校实施“科技兴校”工程的一项重要举措。2010年初，学校立足优势和特色学科，以优秀学科带头人为核心，以科研项目为支撑，以重点实验室和工程技术研究中心为依托，以争取重点重大项目、产出高水平成果、培育一流团队为目标，通过各学院推荐、学校组织专家评审遴选，首批13个创新团队、10个培育团队获得立项资助，资助期3年，总预算1035万元。为切实做好创新团队的建设工作，学校创新科技管理机制，制定并出台了《内蒙古农业大学科技创新团队管理办法》、《内蒙古农业大学科技创新团队考核细则》、《内蒙古农业大学科技创新团队计划实施方案》以及《内蒙古农业大学关于为校级及以上科技创新团队设置科研岗的暂行办法》等管理制度。

校级创新团队支持计划启动以来，各团队累计获得科研经费2.72亿元，目前我校在研的13个500万元以上的国家973、863、科技支撑、国际科技合作以及公益性行业科研专项等重大重点项目全部产生于这些团队；各团队先后发表论文1500余篇、其中被SCI和EI收录的论文为265篇，出版专著68部，获得国家和省部级科技、社科奖18项，获得专利授权37个、新品种授权12个、制订标准20个。一些标志性成果得到了学术界和新闻媒体的高度关注，如世界首例双峰驼全基因组序列图谱绘制和破译研究成果在《Nature》子刊《Nature communications》上发表，我校建成国内最大的具有自主知识产权的乳酸菌菌种资源库和16S rRNA基因数据库，世界首例转乳糖分解酶基因奶牛在我校诞生等等。

创新团队建设工作在凝聚和培育高水平科技队伍方面发挥了重要作用，学校先后有2个团队入选教育部科技创新团队发展计划、有5个团队被认定为自治区科技创新团队、有8个团队入选自治区“草原英才”工程“产业创新创业人才团队”；“乳品生物技术科技创新团队”首席专家张和平教授获得国家杰出青年科学基金资助并入选“长江学者”奖励计划。

通过创新团队的建设，学校相关学科的科研方向得到了进一步凝练，特别是在家畜、乳品和特色植物生物技术，绒山羊、蒙古马、牧草、燕麦、玉米、马铃薯和草原绿色肉制品、生物质材料等特色资源开发，以及草地资源可持续利用、河湖湿地水环境、寒旱区水资源、生态公益林建设、畜牧业机械化装备等方向的创新研究均取得了重要进展，有力地推进粮食丰产科技工程、食品绿色和安全加工和节水农业等重点科技项目的实施，为自治区发展现代农牧业和草原畜牧业提供了科技支撑和智力支持。